Kajian-kajian modern mengenai sejarah sains menunjukkan bahwa penelitian saintifik di dunia Islam terus berlanjut hingga abad ke-16 m. Namun, buku-buku sejarah tentang peradaban Islam terus menerus mengulangi dan memperluas teori dominan yang mengatakan bahwa konsolidasi pandangan dunia Islam sejak abad ke-11 telah menyebabkan stagnasi sains-sains rasional. Teori ini bahkan mengasumsikan adanya kontradiksi esensial antara sains dan Islam, dan merupakan bagian dari pandangan lazim dalam historiografi pasca-pencerahan yang menetang sains dan agama pada umumnya dalam peradaban-peradaban pasca-Abad pertengahan.
Berdasarkan berbagai penuturan yang didasarkan pada teori ini, kegiatan-kegiatan saintifik di masyarakat-masyarakat Muslim secara konsisten ditentang, konon oleh pemuka Islam. Pada kenyataannya, kegiatan-kegiatan saintifik tersebut tetap berlanjut di lingkungan kebudayaan Islam, meskipun di pandang oleh teori ini sebagai hasil yang tidak disengaja. Sekalipun demikian, di samping sifat kontra-intuitifnya yang tampak jelas, teori ini tak bisa menjelaskan banyaknya bukti yang mengukuhkan terjadinya kebangkitan, bukannya kemunduran, sains di Dunia Islam setelah abad ke-11. Bukti lebih jauh menunjukkan bahwa kegiatan saintifik terintergrasi dengan kehidupan intelektual masyarakat Muslim dan bukan bersifat marginal dari arus utama. Oleh sebab itu, diperlukan pendekatan yang berbeda terhadap kajian tentang hubungan sains-agama dalam Islam, sebuah pendekatan yang memeriksa baik lingkungan budaya maupun interaksi di antara berbagai dinamikan budaya yang bekerja didalamnya.
Dalam beberapa dasawarsa terakhir, sejumlah kajian kritis yang sangat bagus oleh sejarahwan-sejarahwan yang kompeten dalam sains Islam telah membawa pergeseran pemahaman kita mengenai sejarah ini. Namun, pendekatan yang terintegrasi terhadap kajian tentang sejarah sains dalam masyarakat Muslim perlu mengatasi beberapa kendala. Pertama, usaha seperti itu menuntut penelitian saksama atas kegiatan-kegiatan kultural yang berjangkauan luas, meliputi wilayah geografis yang luas, kondisi historis yang berbeda-beda, dan mencakup rentang sekurang-kurangnya tujuh abad. Di samping itu, sumber-sumber bagi kajian masalah tersebut mencakup, di samping bukti-bukti material, ribuan naskah ilmiah, yang sebagian besar masih belum diperiksa. Melimpahnya bukti yang ada juga menimbulkan sejumlah kesulitan metodologis: survei-survei sebelumnya tentang sejarah sains Islam didasarkan pada sedikit kajian acak tentang tulisan-tulisan saintifik. Sebagian dari kajian-kajian aktual tersebut bermutu tinggi. Ironisnya, kelangkaan bukti-bukti konkret yang bisa diperoleh bagi sarjana-sarjana awal itu tetap mendorong mereka untuk berupaya meliputi semua bidang sains dengan cakupan yang serba meliputi meskipun sering reduktif. Dalam beberapa dasawarsa terakhir, lebih banyak tulisan saintifik telah diperiksa secara kritis, yang memberikan efek ganda, yakni memberikan informasi yang terperinci mengenai bebagai disiplin keilmuan dan menyoroti kekhasan sejarah tiap-tiap disiplin atau bahkan subdisiplin.
